Die Schalenfarbe der Braunleger ist starken Schwankungen unterworfen. So sind die Eier am Anfang einer Legeserie intensiver gefärbt, als die am Ende. Auch sind meist die Eier von Junghennen ebenfalls heller als die der älteren Hennen. Ganz besonders fällt dies bei dunkelbraunen Eiern auf wie z.B. denen der Welsumer, Barnevelder oder Marans. Die braune Schalenfarbe kommt dadurch zustande, dass eine Schleimschicht mit körperlichen Abbauprodukten (z.B. Melaninen) auf die fertige Eischale aufgelagert wird. Bei ganz frischgelegten Eiern läßt sich diese abwaschen. Diese gefärbte Schleimschicht soll die Eier vor Feindesblicken tarnen. Weißschalige Eier kommen dadurch zustande, dass diese Schleimschicht aus genetischen Gründen (fehlende Rezeptoren) nicht mehr auf der Kalkschale haftet. Dieser genetische Defefekt, ist, - so nimmt man heute an - vor ca. 2000 Jahren in Vorderasien aufgetreten und ist dann durch die Römer im gesamten Mittelmeerraum verbreitet worden. Sämtliche ursprügliche sogenannte Mittelmeerrassen legen weiße Eier.
Bei der grünen Eierschalenfarbe handelt es sich um ein Abbauprodukt der roten Blutkörperchen, was in der Leber/Galle geschieht. beim Abbau dieser roten Blutkörperchen entsteht unter anderem Biliveridin (ein grünlichblauer Farbstoff). Dieser Farbstoff wird IN die Klakschale eingelagert. Neben dem Biliveridin entsteht in geringer Menge auch der Farbstoff Bilirubin (grünroter Farbstoff), der bei anderen Vogeleiern eingelagert wird. Inwiefern dieser Stoff für die dunkle rotbraune Eischale der Marans und Penedesecas verantwortlich ist, kann ich nicht sagen. Vermutlich nicht, da der braune Farbstoff nicht eingelagert, sondern nur AUFgelagert wird. Bei der Kalkschalenbildung im Eileiter werden die Farbstoffe wie gesagt in die Eischale eingelagert. Allerdings geschieht dies nicht über eine Drüse oder einen Verbindungskanal zwischen Leber und Eileiter, sondern es ist vielmehr so, dass Blut in den Uterus direkt geleitet wird. Dessen zerfallende rote Blutkörperchen erbringen dann die grüne Eierschale. Durch die Einlagerung von Farbstoffen wird die Eischale auch geringfügig stabiler. Dementsprechend gelten Araucanaeier z.B. als relativ bruchsicher.