Die isolate , die unter dem Begriff „Karo Cluster zusammen gefasst werden, zeigen einige Besonderheiten, die bisher nur in geringem Umfang beobachtet wurden:
Die Besonderheiten beziehen sich nur auf alle 8 Gene, ich beziehe mich zunächst mal nur auf das HA:
1. Nachweis einer Mutation in der RBS an Position S227=>227N (H3 223). Diese Konfiguration erhöht die Bindung an alpha 2,6 SA receptoren, die vor allem in der menschlichen Lunge vorkommen.
Die Bedeutung dieser S227N Mutation wird neuerdings auch in einem anderen Zusammenhang diskutiert, da sie offenbar stark immunogen wirkt. Es wird daher vorgeschlagen, sie in Impfstämme einzubauen
(Role of specific hemagglutinin amino acids in the immunogenicity and protection of H5N1 influenza virus vaccines Erich Hoffmann *, Aleksandr S. Lipatov *, Richard J. Webby, Elena A. Govorkova, and Robert G. Webster )
2. Neu konfigurierte cleavage site RESRRRKKR mit Einfügung eines Serin. Keine aviäre Sequenz von 2005 und 2006 wies diese Konfiguration auf oder zeigte Übereinstimmungen, die es erlauben würden, die Sequenzen in einem aviären Ast zu platzieren.
3. Phylogenetisch bilden die meisten humanen und felinen Sequenzen einen neuen, von den aviären Sequenzen abgrenzbaren Ast.
http://www.recombinomics.com/phylo/Karo_HA1.jpg Die WHO versuchte bei der Djakarta Konferenz, die humanen Isolate in Beziehung zu den aviären zu setzen, Die fehlende Übereinstimmung gibt jedoch Anlass zu der Vermutung, dass diese Isolate nicht aviären Ursprungs sind.
Die Abweichungen sind nicht unbedingt als zufallsbedingt anzusehen, sondern zeigen typische Muster aus anderen Gebieten, z.B der quinhai Klade
4. In PB 2 weisen die Isolate den E627K Übergang auf, der eine effiziente Virusvermehrung bei niedrigeren Temperaturen erlaubt und allgemein als eine der Voraussetzungen einer human Adaptation gilt.
5. Darüber hinaus finden sich Abweichungen, die für Humane- ,Hunde- Pferde- und Schweine assoziierte Sequenzen typisch sind.
ISDN137455 A/Feline/Indonesia/CDC1/06 2006 H5N1
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ISDN183702 A/Indonesia/CDC610/2006 2006 H5N1
ISDN183750 A/Indonesia/CDC634/2006 2006 H5N1
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ISDN183766 A/Indonesia/CDC634T/2006 2006 H5N1
ISDN132407 A/Indonesia/239H/2005 2005 H5N1
ISDN132415 A/Indonesia/245H/2005 2005 H5N1
ISDN128028 A/Indonesia/6/2005 2005 H5N1
ISDN137460 A/Indonesia/CDC287e/05 2005 H5N1
ISDN137449 A/Indonesia/CDC292t/05 2005 H5N1
DQ124152 A/canine/Florida/43/2004 2004 H3N8
DQ124197 A/canine/Texas/1/2004 2004 H3N8
CY010565 A/swine/Spain/54008/2004 2004 H3N2
DQ124160 A/canine/Florida/242/2003 2003 H3N8
DQ124162 A/equine/Massachussetts/213/2003 2003 H3N8
DQ124188 A/equine/Ohio/1/2003 2003 H3N8
DQ222916 A/equine/Wisconsin/1/03 2003 H3N8
AY855344 A/equine/Kentucky/5/02 2002 H3N8
DQ376666 A/chicken/Taiwan/1205/01 2001 H6N1
CY004940 A/mallard/Alberta/30/2001 2001 H4N8
AF213916 A/Swine/Italy/25823/94 1994 H3N2
AJ311508 A/swine/Cotes d'Armor/3633/84 1984 H3N2
M55478 A/Swine/Germany/2/81 1981 H1N1
CY004984 A/mallard duck/Alberta/283/1977 1977 H8N4