Hallo und einen wunderschönen Tag!
Also ich habe in meinem Leben schon eine ganze Menge Nistkästen für alle möglichen Vögel betreut. Daß Ameisen eine Brut "überfallen" hätten, ist mir dabei nicht untergekommen.
Da von zwei Jungvögeln berichtet wird, für Blaumeisen eine Brut mit 8 bis 12 Jungvögeln hingegen typisch ist, spricht eine Menge dafür, daß es sich bei den beiden toten Jungvögeln um in der Nestlingszeit verendete Tiere handelt.
Nistkästen, in denen tote Jungvögel liegen, werden sehr schnell von allen möglichen Plagegeistern heimgesucht, darunter Milben, Ohrwürmer und Ameisen.
Zu Deiner Frage "Wie kann ich zukünftig vermeiden, dass die Ameisen in den Nistkasten gelangen?", würde ich sagen: Überhaupt nicht - die kommen überall hin. Allerdings würde man ihnen die Sache erleichtern, wenn der Nistkasten direkt am Baumstamm und womöglich auch noch auf einer "Ameisenstraße" befestigt wird. Darum, aber vor allem um Raubzeug den Zugriff auf Gelege und Jungvögel zu erschweren, sollten Nistkästen freischwebend an Ästen aufgehängt werden.
Nach Beendigung der Brutsaison den Nistkasten abnehmen, reinigen, desinfizieren und wieder aufhängen. Der beste Zeitpunkt: Oktober/November. Das Flugloch sollte in südöstliche Richtung zeigen; der Nistkasten bei schönem Wetter nicht direkter Sonnenstrahlung ausgesetzt sein. Nistkästen für die anstehende Brutsaison sollten bereits an Ort und Stelle sein.
Herzlichst