global spread of H3N2

Diskutiere global spread of H3N2 im Vogelgrippe / Geflügelpest Forum im Bereich Allgemeine Foren; http://pathogens.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.ppat.0030131 Grippe uebersommert nicht in irgendwelchen...

  1. gsgs

    gsgs Mitglied

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  3. Redcap

    Redcap Stammmitglied

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    Also doch nicht eingefroren?:idee:
     
  4. gsgs

    gsgs Mitglied

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    eher selten.
     
  5. Gänseerpel

    Gänseerpel Foren-Guru

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    Kann mir nicht vorstellen, dass das ernsthaft irgendjemand behauptet. Liesse sich durch keinerlei Daten belegen.

    Die permanente Evolution ist augenscheinlich und wird durch die sich ständig ändernden Strains repräsentiert.
     
  6. Gänseerpel

    Gänseerpel Foren-Guru

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    Das widerspricht auch der Trinkwasser verbreitungsthese
     
  7. gsgs

    gsgs Mitglied

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    OK, I got 972 full H3N2 genoms from genbank with exact date
    between 1999 and 2006. NZ,USA,and AUS.

    Here is a graphics of #differences over time
    for the full genome and the 8 segments.
    http://magictour.free.fr/panflu/gr32.JPG

    The difference between full genome and e.g. segment 1
    is presumably due to reassortments.

    Some very few examples with little differences in viruses
    0.7 or more years apart, which would indicate oversummering.
    I haven't yet checked them.

    The sequences are available in computer-radable form (13MB uncompressed)

    I have a table with all the mutations, but it's 300 pages.
    Maybe I can reduce it ...
    I haven't yet looked for those sequences which obviously
    went from NZ to USA or vice versa. So far I can't confirm
    that claim. We had the Fujian-strain appearing in 2003/2004
     
  8. Gänseerpel

    Gänseerpel Foren-Guru

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    Wieder mal nicht beschriftet.
     
  9. #8 gsgs, 20. September 2007
    Zuletzt bearbeitet: 20. September 2007
    gsgs

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    you can ask by email..

    one pixel per pair of viruses(or segments)
    x-axes: time between the isolation of the two viruses (or segments)
    y-axes: number of differences

    distance between two consecutive vertical bars is one year

    9 graphs:
    1) whole genom (y-value reduced)
    2) PB2
    3) ...
    9) NS

    today I've been trying to chase each single polymorphism,
    how it emerges and then travels ...

    I made some errors :-( , it's not ready yet to present

    A/Auckland/603/2000 scheint von 2001 zu sein

    ca. 10% der neu erworbenen Polymorphismen
    erscheinen ebenfalls im naechsten Winter (1/2 Jahr) auf
    der anderen Erdhalbkugel (NZ--NY)

    nicht besonders ueberzeugend m.E.

    ausserdem scheinen die Ergebnisse nicht auszuschliessen dass ein
    Teil der Viren (asymptomatisch) in Menschen oder anderen
    Tieren den Sommer ueberdauern. (while replicating
    and mutating)


    Fujian:
    http://magictour.free.fr/panflu/nz_us2

    Rest:
    http://magictour.free.fr/panflu/nz_us1


    Beschriftung wie zuvor...(Erklaerung bei FT)
     
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  11. gsgs

    gsgs Mitglied

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    sieh hier die geordneteten Sequenzen (ganzes Genom),
    wie die US und NZ - Viren sich gruppieren

    [​IMG]
     
  12. gsgs

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    delete....
     
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