Hallo,
ich würde die Eier mechanisch Reinigen, also sanft mit einem Schleifpapier und nur die Stellen, die betroffen sind. Dabei drauf achten, dass die Eier nicht zu lange an der "Luft" sind - also ohne Wärme.
Man kann Bruteier waschen, aber... und jetzt kommt 's... das kann nicht jeder. Es ist nämlich nicht damit getan die Bruteier zu schrubben bis die Kutikula (Schutzschicht auf der Eierschale) komplett weg ist und somit jeder Keim, jede Bazille und jeder Vire freien Zugang zum Innern des Eies hat. Die Kutikula ist die natürliche Barriere und sollte nach Möglichkeit unbeschadet sein. Nur leider werden Bruteier nicht in einer antiseptischen Umgebung gelagert. Deshalb sind die Schlupfergebnisse bei einer natürlichen Brut viel besser als bei einer Kunstbrut. Solange der Faktor Mensch seine Finger aus dem Spiel lässt, um so besser das Ergebnis. Aber wir wollen Küken zu einem Zeitpunkt, wo Hennen noch gar nicht Brüten oder wo so viele Küken benötigt werden, die Hennen gar nicht abdecken können, also muss die Kunstbrut herhalten.
Sammelt man also die Eier ein, dann sollte schon hier absolute Hygiene herrschen. Die Lagerung auch hygienisch, der Brutapparat ebenfalls am Besten alles hygienisch... Eier nur anfassen mit Gummihandschuhe, möglichst Sterile. Mundschutz nicht vergessen, schon unser Atem enthält Dinge die sich auf den Eiern negativ niederschlagen können... ach ja Schutzkleidung nicht vergessen. Die Eier werden in speziellen Maschinen mit speziellen Reinigungsmitteln gewaschen, anschließend mit 65° C heißem Wasser kurz abgespült und dann sofort in den vorbereiteten Brüter gelegt.
So... jetzt Hände hoch... wer macht das? Wenn man das alles Beherzigt, dann kann man Eier waschen, dann kann kein Fremdkeim der Entwicklung im Ei schaden. Dieses Prozedere findet nur in Großbrütereien statt und das müssen die auch so machen, denn die leben davon, das ist deren Existenz und wenn nur ein Fremdkeim in so eine Anlage kommt, dann kann alles umsonst gewesen sein.
Ich war vor kurzem bei einer Betriebsbesichtigung, welches vom Landwirtschaftsamt organisiert wurde, dabei. Selbst das Schieren geschieht unter steriler Umgebung und fast automatisch. Und obwohl wir Besucher durch eine Scheibe von dem Geschehen getrennt waren, mussten wir Kittel und Überzieher über die Schuhe ziehen. Ich glaube, die Elterntiere hatten auch Überzieher über ihre Klauen - Ok, war Blödsinn, aber die Vermutung hätte naheliegend sein können.
Entferne vorsichtig - so wie ich es eingangs beschrieben habe - den "Dreck" von den Eiern notfalls mit einem Messer und mache keine Experimente mit Wasser. Flüssiger Dreck hat es auch leichter durch die Schale zu dringen und wenn die Henne weiterhin die Eier so verschmutzt, dann entferne sie aus deiner Zucht. Eine von meinen Hennen musste auch gehen, weil sie ständig ein Loch in die Bruteier getreten hat und das, obwohl sie ebenfalls separat in einem ausgedienten Hasenstall saß und jedes mal nach ihrem "Toilettengang" ein Ei nach dem Anderen beschädigte. Sie war einfach zu unvorsichtig... so was kann man in einer Zucht nicht gebrauchen!
Gegen Ende des künstlichen Brutvorgangs besprühe ich auch die Eier mit Wasser. Einfach um die Eierhaut nicht zäh werden zu lassen, das würde den Schlupf des Kükens nur unnötig erschweren. Dafür fülle ich kochendes Wasser in eine Sprühflasche und stelle die Düse auf ganz fein. Der feine Sprühnebel ist nicht mehr heiß, wenn er die Eier berührt, dafür aber ohne Keime